吉贝屿全岛面积约3.1平方公里，海岸线长约13公里，是北海最大的岛屿，国内最热门的旅游景点。全岛地势东高西低，由海积地形组成的美丽沙滩及沙嘴，为本岛最大的地形特色，沙滩位本岛西南，由西崁山向南延伸；在沙滩的尽头，因受海流影响而形成伸入海中的沙嘴，全长700馀公尺，最宽处约200公尺，岛的四周有许多大小石沪聚集，总计约有八十馀座，与七美并列两大渔场。距离赤崁约五浬，航程约廿分钟。

魟湾仔曾经是一个独立海上的玄武岩礁，现已和吉贝屿合为一体。在魟湾仔到吉贝村的途中有一块标高16公尺的东崁高地，高地附近的原野是吉贝岛上最大的细绳纹陶史前文化遗址，下面藏着距今约四千五百年前的文物。


吉贝岛不仅是北方的渔场，由於潮差甚大，它拥有广大的潮间带，使得早期的先民体验出利用潮差来捕鱼的观念，於是利用周边的玄武岩与珊瑚礁，趁着每天退潮时堆砌石沪，用来捕鱼。 根据记载，在清朝乾隆年间徵收「沪税」 时，吉贝便拥有1口大沪、4口小沪，可见石沪的建造远在清乾隆以前便有了。


吉贝屿海域石沪密布，有88座之多，占全县574座石沪的近七分之一，居全台之冠。退潮时，从魟湾仔可以涉水走到西北方的过屿。魟湾仔东西两侧沿岸石沪密集，数量约占吉贝石沪的一半（约40个）。这种居民利用潮间带，以玄武岩堆砌的石墙所形成的捕鱼陷阱，是吉贝屿最具特色的一项人文景观。


「沙尾海湾」有一道长达800公尺的沙滩直伸海际，绵延数公里，晨昏驻足其间，看蓝天碧海、黄金沙滩，有如置身梦境。